Nel Chiostro Grande, al centro, la vera del pozzo porta la data 1556 che dovrebbe indicare la fine dei lavori. Nell'Ottocento l'elegante proporzione del portico venne alterata con la sopraelevazione di un piano. Sotto le arcate del portico sono stati collocati alcuni reperti di scultura trovati durante gli ultimi lavori di restauro: da ricordare un frammento di pluteo anteriore al Mille, un rozzo rilievo di epoca romanica con un cane che morde l'osso, una lapide con iscrizione cinquecentesca.

Il vicino chiostro quattrocentesco è stato molto manomesso, un fianco è stato inglobato nella villa, alcune arcate dei lati brevi sono finite nei muri di sostegno.
I tondi alle pareti con i busti dei Santi provengono dalle crociere della chiesa romanica, alcuni dei quali furono utilizzati dallo Zanella e si trovano ancora nelle chiavi di volta della navata. I resti dell'antica abbazia sono ancora visibili nell'interrato e nel piano terra del fianco settentrionale della villa: è probabile che l'andito a quattro colonne con il soffitto a travature sia stato il refettorio del convento o l'aula capitolare. Ogni piccolo elemento è stato messo in luce nella recente ristrutturazione, pur nel nuovo uso assegnato a questi locali.

Nel piccolo atrio che immette al Refettorio è stato collocato il cancello in ferro della Porta Maggiore della chiesa. Compiuto al tempo del rifacimento della chiesa dovuto allo Zanella, è un ottimo esempio del lavoro dei battitori del ferro leoniceni. Ottimo il disegno a ricchissimi racemi e nervature. Sulle pareti delle sale di attesa o di conversazione, qualche buona stampa; l'arredo è tutto moderno.